Tập đoàn quân 41 được cải tổ vào ngày 1 tháng 12 năm 1998, trực thuộc Quân khu Siberia. Năm 2002, Sư đoàn Súng trường Cơ giới cận vệ 122 được chuyển đến Aleysk và nhập vào biên chế Tập đoàn quân. Trong cuộc cải cách quân đội Nga năm 2009, Sư đoàn được chuyển đổi thành Lữ đoàn súng trường cơ giới cận vệ 35.[3] Ngày 1 tháng 9 năm 2010, Tập đoàn quân được chuyển giao cho Quân khu Trung tâm sau khi Quân khu Siberia bị giải tán.[4]

Một tiểu đoàn tác chiến điện tử dự kiến ​​sẽ được thành lập trong Tập đoàn quân 41 vào cuối năm 2019.[5]

Khủng hoảng Nga-Ukraine năm 2021

Trong bối cảnh cuộc khủng hoảng Nga-Ukraine năm 2021, các đơn vị của Tập đoàn quân 41 được cho là đã triển khai đến phía Tây để tăng viện cho các đơn vị ở các Quân khu phía Tây và phía Nam. Các đơn vị này được cho bao gồm các thành phần của Lữ đoàn súng trường cơ giới 35, 55 và 74, Lữ đoàn pháo binh 120, Lữ đoàn tên lửa 119, Trung đoàn xe tăng 6 của Sư đoàn xe tăng 90. Số lượng phương tiện quân sự lên đến khoảng 700 MBT, IFV và SPH, hệ thống tên lửa đạn đạo Iskander cũng được cho là đã được bố trí lại về phía tây.[6]